2月25日下午13时46分，由韩国首尔起飞的OZ349航班飞抵南京，降落至南京禄口国际机场。机上共载有166名旅客，南京海关严阵以待做好航班的入境检查、防疫等相关工作。按照处置方案，海关检疫人员身着防护服登机进行体温检测和健康情况问询。经检查发现，有3名中国籍旅客有发热症状，但均无武汉接触史。
得知情况后，驻场的南京市防疫工作组立即启动应急预案，边检、海关、公安等职能部门联勤联动，将3名旅客用救护车送至医院做隔离观察和进一步检测。其余旅客按照海关检疫核查结果，分批下机待检。南京出入境边防检查站临时调整入境大厅通道结构，开辟待隔离人员专用通道，旅客分批次通过。
根据机场防控规定，发热旅客前三排后三排的乘客需要接受隔离，该航班共有94名旅客需要接受隔离。17时33分，这批乘客不分国籍全部由专用大巴车拉到指点酒店开始医学隔离观察。